Ostatnie zwycięstwo Arki nie przyniosło oczekiwanego uspokojenia w zarządzie klubu. Ten nadal podtrzymuje decyzję, która ma na celu pożegnanie się z głównym trenerem zespołu, czyli z Petrem Nemecem.
Po zakończeniu rundy jesiennej przyszedł czas na podsumowania i wprowadzenie kolejnych zmian, które ożywią grę żółto-niebieskich. One wiążą się głównie ze zmianą trenera, który przy Olimpijskiej spędził 1,5 roku.
Początki Petra Nemeca w Arce były dosyć trudne. Arka spadła z Ekstraklasy, straciła niektórych zawodników, których ambicje nie pozwalały na grę w I lidze. Nowy trener miał stworzyć drużynę od zera, zaangażować młodzież i stworzyć dobry klub, który awansuje do Ekstraklasy. Presja była ogromna, cel natomiast trudny do osiągnięcia. Od trenera oczekiwano natychmiastowych wyników. Petr Nemec na sformowanie nowego zespołu miał zaledwie miesiąc. Na testach przewijało się mnóstwo zawodników, nie zawsze spełniających oczekiwania Nemeca. Zbyt mała ilość czasu nie pozwoliła na sformowanie drużyny, która od pierwszego spotkania zaczęłaby wygrywać. Takie zadanie okazało się irracjonalne. Wybrano grupę dobrych zawodników, która nie okazała się jednak wystarczająco zgrana na boisku.
Początek sezonu okazał się dla Arki niewystarczająco dobry. Po ósmej kolejce żółto-niebiescy zgromadzili jedynie 6 punktów. Zarówno na zawodnikach jak i na trenerze nie pozostawiono suchej nitki. Każdy mecz rozpoczynał się innym składem i ustawieniem zawodników. Poszukiwano optymalnej opcji, która sprawdzi się w każdej sytuacji.
Pomiędzy 9 a 26 kolejką Arka spisywała się na medal. Wróciła szansa na awans do Ekstraklasy. Przed rundą wiosenną do Arki przybyli nowi piłkarze z Floty Świnoujście. Apogeum dobrej formy zespół z Gdyni osiągnął podczas rozgrywek w Pucharze Polski. Dotarli do półfinału, ulegając dopiero Legii Warszawa. Wszyscy jednogłośnie podkreślali, że miejsce gdynian jest w Ekstraklasie. Idealnie spisywali się prawie wszyscy zawodnicy, a Kuklis odzyskał nadszarpnięty wcześniej honor.
Wykańczająca walka o Puchar Polski odbiła się jednak na jakości gry zawodników. Arka wystawiała zawsze najlepszą jedenastkę i to bez względu na to czy zespół gra w rozgrywkach ligowych czy w Pucharze Polski. Zawodnicy przestali sobie radzić w rozgrywkach ligowych i wygrali tylko 3 z 10 spotkań w lidze. Marzenia o powrocie do Ekstraklasy stały się mało realne.
Nowy sezon nie przyniósł nowych możliwości. Arka borykała się z licznymi problemami finansowymi, zespół postanowiło wesprzeć miasto. Zamiast realnej stabilizacji szykowała się kolejna rewolucja. Przygotowano nowe kontrakty dla zawodników, bez możliwości renegocjacji. Z Arką postanowił się pożegnać Sławomir Mazurkiewicz czy Piotr Kuklis, którzy niezadowoleni byli z zaproponowanych kwot. Ten ostatni postanowił jednak po jakimś czasie powrócić do Gdyni.
Zarząd wyznaczył zespołowi cel, czyli atakowanie miejsc od 5 do 10. Cel został osiągnięty, jednak to i tak okazało się niewystarczające. W klubie ciężko jest bowiem znaleźć osobę, która zadowolona jest z obecnej sytuacji Arki.
Trener Petr Nemec prowadził Arkę w 57 meczach obejmujących ligę i rozgrywki Pucharu Polski.
Bilans tych spotkań:
Sezon 2011/2012: 40 sp. 15zw. – 13 rem. – 12 por. br. 58-49
Sezon 2012/2013 jesień: 17 sp. 6-3-8 br. 17-14
Łącznie: 57 spotkań 21 zw. – 16 rem. – 20 por. br. 75-63
W mediach pojawiły się pierwsze nazwiska potencjalnych nowych trenerów. Pośród nich znaleźli się między innymi: Czesław Michniewicz, Kamil Kiereś, Robert Podoliński, Dariusz Wójtowicz i Mirosław Jabłoński.
