Z dniem 1 stycznia 2014 roku rozpocznie się nowy etap w funkcjonowaniu Sił Zbrojnych RP. W życie wejdzie reforma systemu kierowania i dowodzenia siłami Zbrojnymi RP. W jej wyniku rozformowane zostanie Dowództwo Marynarki Wojennej.

Dowództwo Marynarki Wojennej przenosi się do Warszawy. Nie z Gdyni, a ze stolicy wydawane będą wszystkie najważniejsze decyzje i rozkazy dot. marynarki. To konsekwencja, uchwalonej przez Sejm i podpisanej w lipcu tego roku przez prezydenta RP, reformy systemu kierowania i dowództwa polskimi Siłami Zbrojnymi.
Przestaje również istnieć strona internetowa MW. Została przeniesiona do archiwum, tak aby można było zapoznać się z działalnością polskiej floty wojennej z lat 1998-2013.

W poniedziałek, 30 grudnia, w Porcie Wojennym w Gdyni Oksywiu odbyła się uroczystość przekazania obowiązków Dowódcy 3 Flotylli Okrętów oraz rozformowania Dowództwa Marynarki Wojennej. W uroczystości wziął udział Dowódca Marynarki Wojennej admirał floty Tomasz Mathea.