Dnia 1 września 1939 roku zadecydowano o wykonaniu operacji „Worek”. Plan ten polegał na rozmieszczeniu wszystkich okrętów podwodnych na terenie Zatoki Gdańskiej oraz na Helu w wyznaczonych sektorach operacyjnych. Dzięki tym działaniom łatwe miało stać się wykonywanie ataków torpedowych na hitlerowskie okręty ostrzeliwujące Hel oraz biorące udział w zadaniach desantowych.
W dniu rozpoczęcia działań wojennych o godzinie 14 został ostrzelany port wojenny na Oksywiu. W wyniku przedsięwzięć niemieckiej Luftwaffe zatopiono dwa polskie okręty. Pierwszym z nich był torpedowiec ORP „Mazur”, drugim natomiast okręt pomocniczy ORP „Nurek”. Następny atak niemieckiego lotnictwa miał miejsce tego samego dnia o godzinie 18.00. Doszło do stoczenia pierwszej w tej wojnie bitwy powietrzno – morskiej.
Zaatakowano wówczas okręty znajdujące się na redzie gdyńskiego portu w odległości 4 mil morskich od Helu. Były nimi ORP „Wicher”, ORP „Gryf”, 6 trałowców – ORP „Jaskółka”, ORP „Czajka”, ORP „Mewa”, ORP „Rybitwa”, ORP „Czapla”, ORP „Żuraw” oraz dwie kanonierki mające wykonać plan „Rurka”. Niemcy bez przeszkód dostrzegli skupisko polskich okrętów i rozpoczęli bombardowanie. Zadaniem niemieckich okrętów było wyeliminowanie polskich jednostek bojowych. Powiodło się ono bez przeszkód. Plan zaminowania Zatoki Gdańskiej nie doszedł do skutku.
Dowódca ORP „Gryf” został śmiertelnie raniony przez odłamki niemieckich bomb i poniósł śmierć . Polskie okręty podwodne w pierwszej fazie wojny nie odniosły większych sukcesów. Z ich działaniami i przede wszystkim obecnością musiały się liczyć jednak niemieckie siły zbrojne, zwłaszcza z obecnością okrętów ORP „Wilk”, ORP „Ryś” oraz ORP „Żbik”. Za swój główny cel obrały one stawianie zagród minowych. Każdy z tych okrętów miał do rozdysponowania 20 min. Odpowiedzialny był za to kmdr por. Aleksander Mohuczy. Okręty wojenne MW nie były w stanie rozwinąć większych działań bojowych. Zostały zarazem narażone na trwałe zniszczenia. Okręty ORP „Sęp”, ORP „Ryś”, ORP „Żbik” zostały internowane w Szwecji, gdzie znajdowały się już do końca wojny. Inny los miał czekać okręt ORP „Wilk”. Głównodowodzący tą jednostką bojową, kapitan marynarki Bogusław Krawczyk dostał polecenie udania się do Wielkiej Brytanii. W razie niepowodzenia akcji ORP „Wilk” miał również zostać internowany w Szwecji. Zakładana operacja doszła jednak do skutku. ORP „Wilk” przedostał się przez Sund i wpłynął do portu Rosyth. Warto wspomnieć o incydencie jaki miał miejsce w Tallinie. Dowódca okrętu ORP „Orzeł” – komandor podporucznik Henryk Kłoczkowski ze względu na swój stan zdrowia zmuszony był do zawinięcia do tallińskiego portu. Władze Estonii powzięły decyzję o internowaniu polskiego okrętu wojennego.
Dowództwo na ORP „Orzeł” przejął Jan Grudziński, któremu udało się wydostać Okręt z rąk nieprzyjaciela. Działania te były o tyle trudne, że załoga została pozbawiona przyrządów nawigacyjnych oraz potrzebnych map, a sam okręt został wcześniej przez Estończyków rozbrojony. ORP „Orzeł” swoją wędrówkę zakończył w miejscowości Rosyth, gdzie swoją bazę posiadała Royal Navy. W dniu 14 września 1939 roku w Jastarni doszło do tragedii. Polskie okręty poprzez prowadzenie śmiałych akcji rozzłościły agresora. Po ich powrocie z rejonu Kępy doszło do ostrzału przez 11 niemieckich samolotów. Polakom udało się zestrzelić jeden z nich. Radość niestety nie trwała zbyt długo. Doszło do ostrzelania polskich okrętów a w dalszym ciągu do ich zatopienia.
Jedna z pierwszych 250 kg bomb trafiła w ORP „Jaskółka”. Wybuch na statku doprowadził do zapalenia się zbiornika z paliwem, ten zaś doprowadził do wybuchu amunicji. Trałowiec przełamał się w pół, osiadając na dnie basenu. Bomba nie oszczędziła także ORP „Czapla” oraz ORP „Pomorzanin II” wraz z holownikami „Lech” i „Sokół”. Atak lotniczy sprawił, że ocalałe okręty oraz prowizorycznie naprawiona ORP „Rybitwa” nie były w stanie odegrać większej roli w działaniach bojowych na morzu. Zostały zatem umieszczone na Helu, rozbrojone, a ich załogi uczestniczyły w walkach Lądowej Obrony Wybrzeża.
