15 października 1935 roku ordynariusz chełmiński wydał pozwolenie na budowę klasztoru ojców Franciszkanów w Gdyni. Niespełna trzy miesiące później Kongregacja do spraw Zakonnych pozwoliła na kanoniczne założenie klasztoru.
Tak się stało 11 stycznia 1946 roku. Poświęcenie nastapiło w 1938 roku, wtedy też budowa obiektu została ukończona. W uroczystości tej wziął udział franciszkanin konwentularny, prezbiter i męczennik zarazem, czyli święty Maksymilian Kolbe. W gdyńskim klasztorze pojawiał się jeszcze kilkakrotnie.
Podczas II wojny światowej gdyńscy franciszkanie ponieśli bolesne straty. W Piaśnickim lesie rozstrzelano o. Henryka Jamróga, inni ponieśli śmierć w obozach.
Od razu po zakończeniu działań wojennych franciszkanie powrócili do Gdyni, starając się przywrócić klasztor do dawnej świetności. W 1949 roku utworzono parafię pw. św. Antoniego Padewskiego, a w 1957 roku nastąpiło poświęcenie kamienia węgielnego pod obecną świątynię. Pod koniec 1960 roku oddano do użyku górną cześć kościoła, a rok później dolną.
W 1973 roku erygowano sanktuarium św. Maksymiliana Marii Kolbego.
Przy parafii działa wiele grup religijnych, tworzą się akcje charytatywne czy kulturalne. Organizowane są śniadania wigilijne i wielkanocne.
Kościół jest jedną z najbardziej charakterystycznych budowli Gdyni.
