Były rektor Uniwersytetu Gdańskiego, według Sądu Apelacyjnego, złożył w 2007 roku prawdziwe oświadczenie lustracyjne i nie współpracował z aparatem bezpieczeństwa PRL.
Andrzej Ceynowa został oskarżony, przez Instytut Pamięci Narodowej o współprace z Służbami Bezpieczeństwa. W marcu 2011 gdański sąd okręgowy wydał wyrok według którego Ceynowa nie współpracował z SB, widniał jako tajny współpracownik, ale zarejestrowano go bez jego wiedzy. IPN odwołał się od tego wyroku. Decyzję uzasadniano brakiem dostępu do oryginalnych dokumentów oraz chciano aby sąd przesłuchał dodatkowych świadków, między innymi Czesława Kiszczaka. Sprawa trafiła do Sądu Apelacyjnego.
IPN zarzuca Andrzejowi Ceynowa współprace z aparatem bezpieczeństwa PRL w latach 1988 – 1990. W tym czasie były rektor pracował w Instytucie Anglistyki i dlatego miał sposobność kontaktować się z anglojęzycznymi gośćmi.
Marcowy wyrok uniewinniający naukowca, gdański sąd uargumentował tym, że nie istnieją dokumenty współpracy z SB, tj. teczka pracy, meldunki czy potwierdzenia odbioru pieniędzy. Jedynym znalezionym dokumentem, który mógłby przemawiać na niekorzyść Andrzeja Ceynowy, jest papier rejestrujący go jako tajnego współpracownika o pseudonimie TW „Lek”. Jednak według Sądu Okręgowego mogło odbyć się to bez jego wiedzy, tym bardziej, że istnieją dowody na to, że w 1977 roku, Ceynowa odmówił współpracy z SB.
Sąd apelacyjny podtrzymał decyzję sądu pierwszej instancji. Wyrok jest prawomocny.
